Facturation électronique : ce que chaque profession libérale doit anticiper (2026-2027)

Concerné ? Oui — parce que vous êtes « assujetti », même exonéré

La confusion naît toujours du même endroit : beaucoup de professionnels de santé pensent qu’en étant exonérés de TVA, ils sortent du jeu. C’est faux. Le droit fiscal distingue deux notions que l’on mélange à tort : être assujetti (exercer une activité économique indépendante, au sens de l’article 256 A du Code général des impôts) et être redevable de la TVA (la collecter et la reverser). Un médecin dont tous les actes sont exonérés reste un « assujetti exonéré ». La ligne de partage de la réforme, c’est assujetti / non-assujetti — pas redevable / non-redevable.

Conséquence directe : quasiment tous les libéraux entrent dans le périmètre. La DGFiP l’écrit noir sur blanc dans sa foire aux questions officielle — un généraliste ou un ostéopathe devra avoir choisi une plateforme pour recevoir, dès septembre 2026, les factures de son fournisseur d’énergie ou d’accès internet. Reste à savoir ce que « entrer dans le périmètre » veut dire concrètement pour vous : cela va d’une simple obligation de réception à l’ensemble du dispositif. Tout dépend de votre métier.

Deux échéances à ne surtout pas confondre

La réforme repose sur deux briques : le e-invoicing (émettre et recevoir des factures au format électronique entre professionnels français) et le e-reporting (transmettre à l’administration les données de vos ventes aux particuliers ou à l’étranger, et vos encaissements). Chacune a son calendrier.

Retenez la logique : recevoir, c’est pour tout le monde en 2026 ; émettre et déclarer, c’est 2027 pour les petites structures. Et non, le calendrier n’a pas été repoussé une nouvelle fois : un amendement de report a été déposé lors de la loi de finances pour 2026, mais il n’a pas été adopté : les dates restent celles fixées par la loi de finances pour 2024.

« La facturation électronique n’est pas d’abord un sujet informatique, c’est un sujet d’organisation. Le vrai risque, ce n’est pas l’amende : c’est de régler deux fois la même facture pendant les mois où trois formats se croisent sur le bureau. »

Pierre-Emmanuel Hinard — expert-comptable, EPIPHYSE Conseil

Soins exonérés de TVA : souvent la réception, et rien de plus

Si vos honoraires relèvent des soins exonérés de TVA (article 261-4-1° du CGI), vous êtes dans le cas le plus léger. Sont concernés les médecins, chirurgiens-dentistes, infirmiers, masseurs-kinésithérapeutes, sages-femmes, orthophonistes et les autres auxiliaires médicaux dont les actes sont exonérés.

Pour eux, la DGFiP est explicite : les prestations de soins exonérées « n’entrent pas dans le périmètre de la réforme ». Aucune facture électronique à émettre sur vos honoraires, aucune donnée à transmettre en e-reporting. Seule la réception des factures de vos fournisseurs — énergie, matériel médical, informatique, loyer, maintenance — s’impose à vous, au 1^er septembre 2026. Une réserve toutefois : la part non thérapeutique de votre activité — actes esthétiques non remboursés, expertises, ventes de produits — reste soumise à la TVA et peut vous faire entrer, pour ces seuls flux, dans l’émission et l’e-reporting.

Deux angles morts méritent aussi votre attention. La redevance de collaboration libérale que vous versez à un confrère titulaire a la nature d’un loyer entre deux assujettis : elle relèvera de la facture électronique (au plus tard le 1^er septembre 2027). En revanche, la rétrocession d’honoraires à votre remplaçant, adossée à des actes de soins, n’est pas concernée. La frontière est fine ; c’est exactement le genre de point que l’on cale une fois, proprement, plutôt que de le corriger après coup.

Activités soumises à la TVA : là, tout le dispositif vous concerne

Changement de décor pour les libéraux dont l’activité est taxée. Un avocat, un vétérinaire, un architecte, un géomètre-expert ou un consultant facturent avec TVA : ils devront recevoir dès 2026, puis émettre leurs factures au format électronique et transmettre leurs données au plus tard le 1^er septembre 2027. Le chantier est plus large — logiciel de facturation, flux de vente, e-reporting sur la clientèle particulière.

Attention à un piège fréquent : la franchise en base de TVA (celle qui vous dispense de facturer la taxe sous un certain seuil de recettes) n’est pas une exonération. Un professionnel en franchise reste dans le champ de la réforme. Autrement dit, un consultant ou un coach en micro-BNC est pleinement concerné par l’émission et l’e-reporting — ce n’est pas son régime micro qui le protège. Ce qui dispense un médecin, c’est l’exonération de ses soins, pas son statut fiscal.

Deux profils méritent un point précis. Les ostéopathes et les psychologues autorisés à faire usage du titre relèvent, comme les médecins, de l’exonération des soins (article 261-4-1° du CGI) : leurs actes thérapeutiques échappent à la réforme, seules leurs prestations non thérapeutiques — expertise, formation, conseil — étant taxées. Les praticiens du bien-être — sophrologues, naturopathes — ne bénéficient, eux, d’aucune exonération de soins : ils sont soumis à la TVA, le plus souvent couverts par la franchise en base, ce qui ne les sort pas du dispositif. Dans le doute sur votre configuration, c’est le moment d’en parler à votre expert-comptable.

« Un médecin et un avocat ne vivent pas la même réforme : l’un doit surtout savoir recevoir, l’autre devra aussi émettre et déclarer. Le seul point commun, c’est qu’aucun des deux ne doit s’y prendre la dernière semaine d’août 2026. »

Pierre-Emmanuel Hinard — expert-comptable, EPIPHYSE Conseil

La plateforme agréée : votre premier chantier concret

Le cœur pratique de la réforme tient en trois lettres : la PA, plateforme agréée — aussi appelée plateforme de dématérialisation partenaire (PDP). C’est le même objet : une plateforme immatriculée par la DGFiP pour trois ans, après vérification de ses exigences techniques et de sécurité. Mi-2026, plus de 130 plateformes figurent sur la liste officielle publiée sur impots.gouv.fr ; seule une plateforme immatriculée peut légalement transmettre vos factures et vos données.

Un point balaie une idée reçue tenace : le service public gratuit qui devait permettre de déposer et recevoir ses factures — le Portail Public de Facturation (PPF) — a été abandonné en octobre 2024. Le PPF ne conserve qu’un rôle d’annuaire et de concentrateur de données. Il n’existe donc plus d’option publique gratuite : chaque professionnel, même la plus petite structure, doit s’abonner à au moins une plateforme agréée (payante) pour recevoir dès septembre 2026.

Comment choisir ? Regardez la compatibilité avec votre logiciel métier, la simplicité d’usage, le coût de l’abonnement, la qualité de l’archivage, le niveau de sécurité et de conformité RGPD, et surtout l’intégration avec votre cabinet comptable — c’est ce qui vous évitera de ressaisir deux fois la même information. Anticiper ce choix, c’est s’épargner une mise en conformité précipitée à la fin de l’été 2026, quand tout le monde s’y prendra en même temps.

Sanctions et période de transition : anticiper plutôt que subir

Les montants ont changé début 2026 et beaucoup d’articles citent encore des chiffres périmés. Voici les sanctions à jour (loi de finances pour 2026), applicables au 1^er septembre 2026 :

• Défaut de recours à une plateforme agréée (émission comme réception) : ce n’est pas une amende automatique. L’administration adresse d’abord une mise en demeure ; sans régularisation sous trois mois, l’amende est de 500 €, puis 1 000 € renouvelable tous les trois mois tant que la situation dure (article 1737 IV bis du CGI). C’est bien la sanction évoquée pour la réception.
• Défaut d’émission d’une facture électronique : 50 € par facture (contre 15 € auparavant), plafonné à 15 000 € par an (article 1737 III).
• Défaut d’e-reporting : 500 € par transmission (le montant a doublé), même plafond de 15 000 € par an (article 1788 D).

Un garde-fou existe : le droit à l’erreur écarte l’amende pour une première défaillance, si vous régularisez spontanément ou dans les trente jours d’une demande de l’administration. L’esprit est clair — sanctionner le professionnel qui ne fait rien, pas celui qui se met en règle.

Le vrai risque n’est d’ailleurs pas l’amende. Pendant au moins douze mois, jusqu’au 1^er septembre 2027, trois flux de factures cohabiteront : électronique, papier et PDF par e-mail. Sans organisation interne de validation et d’archivage, le danger devient très concret : payer deux fois un fournisseur, ou en oublier un. C’est là que se joue la réussite de la transition — bien plus que dans la crainte du contrôle.

Questions fréquentes

Je suis médecin, tous mes actes sont exonérés de TVA : suis-je vraiment concerné ?

Oui, mais uniquement pour la réception. Vous restez un « assujetti exonéré », donc vous devez pouvoir recevoir les factures électroniques de vos fournisseurs dès le 1^er septembre 2026, via une plateforme agréée. En revanche, vos honoraires de soins n’entrent pas dans le champ de l’émission ni de l’e-reporting : vous n’avez ni facture électronique à émettre, ni données à transmettre sur vos actes.

Je suis en franchise en base ou en micro-BNC : cela me dispense-t-il de la réforme ?

Non, c’est une confusion courante. La franchise en base n’est pas une exonération : vous restez dans le champ de la TVA, donc dans celui de la réforme. Un libéral non médical en micro-BNC — consultant, coach, formateur — devra émettre ses factures entre professionnels (au plus tard en 2027) et faire de l’e-reporting. Ce qui dispense un médecin, c’est l’exonération de ses soins, pas son régime fiscal.

Le portail public gratuit ne suffit-il pas pour être en règle ?

Non. Le service gratuit d’émission et de réception de factures du Portail Public de Facturation a été abandonné en octobre 2024. Il ne reste qu’un annuaire et un concentrateur de données. Chaque professionnel, même le plus petit cabinet, doit donc s’abonner à au moins une plateforme agréée, qui est généralement un service payant.

Que se passe-t-il si je ne fais rien ?

L’amende n’est pas automatique. L’administration commence par une mise en demeure ; sans régularisation sous trois mois, l’amende est de 500 €, puis 1 000 € renouvelable tous les trois mois. Un droit à l’erreur protège la première défaillance régularisée à temps. S’ajoutent, pour ceux qui doivent émettre, 50 € par facture manquante et 500 € par transmission d’e-reporting omise.

Concrètement, que dois-je faire avant septembre 2026 ?

Trois réflexes : choisir une plateforme agréée et vous y abonner ; vérifier que votre logiciel métier et votre outil comptable sont compatibles ; organiser la réception de vos factures fournisseurs pour éviter les doublons pendant la période de transition. Le plus simple est d’en parler tôt à votre expert-comptable, qui calera la configuration adaptée à votre métier.